已经国家计委批复立项的“２１１工程”国家重点建设高等学校共９９所，后调整合并８所，目前实为９１所：

　　北京（１９所）——北京大学、中国人民大学、清华大学、北方交通大学、北京工业大学、北京航空航天大学、北京理工大学、北京科技大学、北京化工大学、北京邮电大学、中国农业大学、北京林业大学、北京医科大学（已并入北京大学）、北京中医药大学、北京师范大学、北京外国语大学、对外经济贸易大学、中央民族大学、中央音乐学院；

　　上海（１１所）——上海交通大学、复旦大学、华东师范大学、上海外国语大学、东华大学、上海财经大学、上海医科大学（已并入复旦大学）、同济大学、华东理工大学、上海大学、上海第二医科大学；天津（３所）——南开大学、天津大学、天津医科大学；

　　重庆（１所）——重庆大学；

　　河北（１所）——河北工业大学；

　　山西（１所）——太原理工大学；

　　内蒙古（１所）——内蒙古大学；

　　辽宁（４所）——大连理工大学、东北大学、辽宁大学、大连海事大学；

　　吉林（４所）——吉林大学、东北师范大学、吉林工业大学（已并入吉林大学）、延边大学；

　　黑龙江（３所）——哈尔滨工业大学、哈尔滨工程大学、东北农业大学；

　　江苏（１１所）——南京大学、东南大学、苏州大学、南京师范大学、中国矿业大学、中国药科大学、河海大学、南京航空航天大学、江南大学、南京农业大学、南京理工大学；

　　浙江（１所）——浙江大学；

　　安徽（２所）——中国科学技术大学、安徽大学；

　　福建（２所）——厦门大学、福州大学；江西（１所）——南昌大学；

　　山东（４所）——山东大学、山东工业大学（已并入山东大学）、青岛海洋大学、石油大学；

　　河南（１所）——郑州大学；

　　湖北（６所）——武汉大学、华中科技大学、中国地质大学、武汉水利水电大学（已并入武汉大学）、武汉理工大学、武汉测绘科技大学（已并入武汉大学）；

　　湖南（３所）——湖南大学、中南大学、湖南师范大学；

　　广东（４所）——中山大学、暨南大学、华南理工大学、华南师范大学；广西（１所）——广西大学；

　　四川（６所）——四川大学、西南交通大学、电子科技大学、四川农业大学、华西医科大学（已并入四川大学）、西南财经大学；

　　云南（１所）——云南大学；

　　陕西（５所）——西北大学、西安交通大学、西北工业大学、西安电子科技大学、西安公路交通大学（已并入长安大学）；

　　甘肃（１所）——兰州大学；

　　新疆（１所）——新疆大学；

　　军事系统（共３所）——第二军医大学、第四军医大学、国防科技大学。